Quelque part en Europe, 35 000 ans avant notre ère…
Petite fille de cinq ans, Ayla est séparée de ses parents à la suite d'un violent tremblement de terre. Elle est recueillie par une tribu qui l'adopte, non sans réticence, ayant reconnu en elle la représentante d'une " autre " espèce, plus évoluée.
Ayla appartient en effet déjà aux hommes de Cro-Magnon alors que son clan d'adoption en est encore au stade du Neandertal.
Iza la guérisseuse, Brun le chef, Mog-ur le sorcier lui enseignent les règles de la vie communautaire, leurs rites, leurs peurs, leurs audaces. Mais Ayla, moins velue, plus élancée, les surprend par sa puissance de raisonnement qui lui permet de s'adapter, de réagir rapidement et de ne plus être totalement dépendante de son environnement.
Avec les années, elle dépasse les autres membres en taille, en savoir, en détermination. Elle s'oppose souvent à leurs coutumes, enfreint leurs règles. Le clan songe alors à la supprimer. Violée par le fils de Brun, appelé à succéder un jour à son père, Ayla mettra au monde un garçon dont l'apparence physique annonce d'ores et déjà l'inéluctable évolution de l'espèce…